一是通过年度汇算可以更好地保障纳税人合法权益。比如，一些扣除项目，像专项附加扣除中的大病医疗支出，只有年度结束，才能确切地知道全年支出金额，需要在年度汇算来补充享受扣除。

二是通过年度汇算可以更加准确地计算纳税人综合所得全年应纳的个人所得税。纳税人平时取得综合所得的情形复杂，无论采取怎样的预扣预缴方法，都不可能使所有纳税人平时已预缴税额与年度应纳税额完全一致，此时两者之间就会产生“差额”，就需要通过年度汇算进行调整。税务部门前期进一步简便优化了预扣预缴方法，不仅进一步减轻了中低收入纳税人的办税负担，也使预扣预缴税额更为精准、更加接近年度应纳税额，但仍然无法完全避免“差额”的产生。