差别还是很大的，做账复杂的不一样，税务的监控力度也不一样，一般纳税人严格多了。

一般纳税人记账和报税都比小规模纳税人复杂，一般纳税人开的发票是13个点的增值税专用发票，每个月需要进行勾选发票抵扣开出去发票的税务，缴纳的增值税=开票税额-进项税额，所以财务要在月底注意进项是否够，以免当月产生过高的增值税，给企业资金链产生过大的负担，而小规模纳税人采用简单的增值税计税方式，普通发票1个点，季度30万以内减免，超过30万，哪怕是超过1分钱，就要全额缴纳30万零1分钱的1个点增值税。

在报税方面也是不同的，一般纳税人的财务报表更为复杂专业，增值税申报表按月申报，而小规模纳税人增值税申报表，企业所得税按季度申报，个人所得税按月申报。

因为一般纳税人在税务和做账上都需要较深的财务处理能力，所以代理记账费用会比小规模纳税人的高一些。