可以通过电子税务局或办税服务厅办理增值税期末留抵税额退税。

一、电子税务局办理路径：企业登录厦门市电子税务局，通过“我要办税—一般退（抵）税管理—增值税制度性留抵退税”模块办理增值税期末留抵税额退税。操作可参看视频。

二、办税服务厅所需材料：企业实名办税人员携带身份证原件、 《退（抵）税申请表》或《增值税期末留抵税额退税申请表》原件4份前往主管税务机关办理。有以下情形的，还应提供相应材料：

1.符合条件的集成电路重大项目增值税留抵税额退税需提供：①增值税专用发票复印件1份；②海关进口增值税专用缴款书复印件1份；③进口协议复印件1份；④进口货物报关单复印件1份。

2.对外购用于生产乙烯、芳烃类化工产品的石脑油、燃料油价格中消费税部分对应的增值税额退税需提供：①增值税专用发票复印件1份；②海关进口增值税专用缴款书复印件1份；③购进合同复印件1份；④进口货物报关单复印件1份。

3.因特殊情况不能退至纳税人、扣缴义务人原缴款账户需提供：由于特殊情况不能退至纳税人、扣缴义务人原缴款账户的书面说明，相关证明资料，和指定接受退税的其他账户及接受退税单位（人）名称的资料原件1份。